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高分辨率地分析人类微生物群落中的耐药性决定因素—小柯机器人—

归档日期:08-28       文本归类:多分辨率分析      文章编辑:爱尚语录

  混合宏基因组组装能够对人类微生物群落中的耐药性决定因素和移动元素进行高分辨率分析,这一成果由新加坡基因组研究所Niranjan Nagarajan团队取得。2019年8月出版的《自然生物技术》杂志发表了这一最新研究成果。

  研究组提出了一个名为OPERA-MS的混合宏基因组装配器,它将基于装配的宏基因组集群与重复感知相结合,以精确地组装复杂的架构。在体外和虚拟肠道微生物组中定义的评估结果表明,OPERA-MS组装的宏基因组具有比长读更高的碱基配对精确度 (5×; Canu), 比短读有更高的识别率(~10× NGA50; MEGAHIT, IDBA-UD, metaSPAdes),比非混合宏基因组装配器有更少的组装错误(2×; hybridSPAdes)。OPERA-MS在存在相同物种的多个基因组的情况下提供菌株解析装配,为稀有物种( 1%)提供高质量的参考基因组,具有约9个长阅读覆盖范围,以及具有更高覆盖范围的接近完整的基因组。小组使用OPERA-MS组装了抗生素治疗患者的28个肠道亚基因组,并显示包含长纳米孔读数产生了更多连续的装配体(比短读数装配体改进了200个),包括80多个封闭质粒或噬菌体序列和一个新的263kbp巨型噬菌体。高质量的混合组件使精确地观察人类患者的肠道耐药性成为可能。

  据介绍,通过高通量宏基因组测序已经实现了微生物组的表征。然而,现有的方法并不是为了结合长、短读技术所设计的。

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